Cancer Genome Atlas full detaljert eggstokkreft analyse


Analysen av genomisk varianter av eggstokkreft har gitt den mest komplette og integrert visjon av kreftgener for alle typer kreft til dags dato. Eggstokkene serøs adenokarsinom svulster av 500 pasienter ble undersøkt av Kreft Genome Atlas (TCGA) Research Network og analysene er rapportert i 30 juni 2011, utgave av Nature.

Serøs adenokarsinom er den vanligste formen for kreft i eggstokkene, sto for om lag 85 prosent av alle dødsfall av kreft i eggstokkene. TCGA forskere gjennomført hel-exome sekvensering, som undersøker de protein-kodende regioner av genomet, i en enestående 316 tumorer. De har også gjennomført andre genomiske karakterisering av disse svulstene og ytterligere 173 eksemplarer.

TCGA fellesskap finansiert og administrert av National Cancer Institute (NCI) og National Human Genome Research Institute (NHGRI), begge en del av National Institutes of Health.



"Dette landemerket studien er å produsere imponerende kunnskap om biologien til denne typen kreft," sier NIH direktør Francis Collins, MD, Ph.D. "Det vil betydelig forbedre kreftforskning samfunnet å gjøre ytterligere funn som vil hjelpe oss å behandle kvinner med denne dødelige sykdommen. Det illustrerer også kraften i hva som kommer fra vår investering i TCGA. "

Blant de konkrete funnene er det en bekreftelse på at mutasjoner i et enkelt gen, TP53, er til stede i mer enn 96 prosent av alle krefttilfeller slike. TP53 koder for et tumor suppressor protein som normalt hindrer kreftdannelse. Mutasjoner i genet forstyrre funksjonen av dette protein, som bidrar til ukontrollert vekst av eggstokkceller. I tillegg er identifisert TCGA et mangfold av mindre hyppige mutasjoner i andre gener.

TCGA forskere har også etablert hvor sett av gener som blir uttrykt på en måte som kan forutsi overlevelse av pasienter - identifisere mønstre for 108 gener som er assosiert med dårlig overlevelse og 85 gener assosiert med bedre overlevelse. Pasienter med tumorer hadde genutrykksmønster assosiert med dårlig overlevelse bodde i en periode som var 23 prosent lavere enn pasienter med tumorer ikke har en slik signatur. Overlevelsesraten på fem år generelle for eggstokkreft er 31 prosent, noe som betyr at 69 prosent av pasientene diagnostisert i år ikke vil være i live i 2016, fremhever det presserende behovet for en bedre forståelse av sykdommen .

"Den nye kunnskapen om genomisk endringer i eggstokkreft har avdekket at de molekylære katalysatorer av denne sykdommen ikke er begrenset til små endringer som påvirker enkeltgener," sa NCI direktør Harold E. Varmus, MD "Også viktig er de store strukturelle endringer som forekommer i disse forskernes genomer av kreft. Kreft kan bruke denne kroppen av informasjon for å forstå biologien til eggstokkreft og for å forbedre diagnostikk og behandling av denne forferdelige sykdommen. "

Å identifisere muligheter for målrettet behandling, etterforskerne så for eksisterende legemidler som kan hemme utdypes eller over-uttrykte gener som har blitt foreslått å spille en rolle i eggstokkreft. Forskningen identifisert 68 gener som kan være målrettet av eksisterende Food and Drug Administration har godkjent eller eksperimentelle terapeutiske forbindelser. Forskerne merket seg at en type narkotika, en PARP (poly ADP ribose polymerase) inhibitor, kan være i stand til å motvirke DNA-reparasjon genet observert i halvparten av de ovarietumorer studert. Mens forskere har kjent at disse stoffene kan være effektiv mot sykdommen, denne studien viste at 50 prosent av kreftformer kan være sensitive for medikamenter som utnytter den genetiske ustabilitet av svulster og induserer kreftcellene å dø.

"Som alle kreftformer, eggstokkreft resultater fra genomiske forandringer," sa Eric D. Green, MD, Ph.D. direktør, NHGRI. "Innsatsen til TCGA bekrefte at jo mer vi lærer om endringer av genomet i kreftceller, jo mer vil vi være i stand til å ta vare på mennesker med kreft."

Resultatene av denne undersøkelse støtter eksistensen av fire distinkte undergrupper av sykdommen, basert på mønsteret sett i transkripsjon av RNA fra DNA. De støtter også eksistensen av fire undertyper relaterte modellbasert DNA-metylering - en kjemisk reaksjon hvori et lite molekyl som kalles en metylgruppe tilsettes til DNA, å modifisere aktiviteten av individuelle gener. Disse mønstrene sannsynlig reflekterer funksjonelle endringer forbundet ovarial serøs adenokarsinom, men er ikke sterkt forbundet med varighet av overlevelse.

Mutasjoner i genene BRCA1 og BRCA2, som er forbundet med noen former for brystkreft, også gi en økt risiko for eggstokkreft. I denne studien var omtrent 21 prosent av tumorene viste mutasjoner i disse genene. Analyse av disse svulstene bekreftet observasjoner at pasienter med muterte BRCA1 og BRCA2 gener har en bedre sjanse til å overleve enn pasienter uten mutasjoner i disse genene. Viktigere, identifiserte forskerne den mekanismen som genene BRCA1 og BRCA2 ble skadet også refererer til overlevelse. Hvis en av BRCA1 og BRCA2-genene er mutert, har forbedret varighet av overlevelse. Imidlertid, dersom aktiviteten reduseres derimot BRCA1 metylering, er det ingen forbedring i varighet av overlevelse.

"Integrasjonen av komplekse genom datasett tillatt oss å oppdage en intrikat rekke genomiske forandringer og validere en bestemt endring som skjer i de aller fleste av alle eggstokkreft," sier hovedforfatter Paul T. Spellman, Ph. D., Lawrence Berkeley Lab, Berkeley, California. "Viktigere vi også funnet ny informasjon om den rollen som BRCA1 og BRCA2 genene spiller i å bestemme overlevelse."

I denne siste studien, forskerne konstruert TCGA på tilnærming som brukes i 2008 å karakter genomet til gliobastoma multiforme, den vanligste formen for kreft i hjernen.

TCGA, lansert i 2006, er en helhetlig og samordnet innsats for å akselerere forståelse av det molekylære grunnlaget for kreft gjennom anvendelse av genomet analyseteknologier, inkludert store genomsekvensering. TCGA data blir gjort raskt tilgjengelig for forskersamfunnet gjennom en database, http://tcga-data.nci.nih.gov/tcga. Databasen gir direkte tilgang til det meste av sett av analytiske data med andre data, for eksempel pasientdata og behandlingsdata av rå DNA sekvens, tilgjengelig for kvalifiserte forskere gjennom en prosess med gjennomgang og godkjenning NIH. Future TCGA analyse av mer enn 20 andre tumortyper skal finansieres hovedsakelig med amerikanske Recovery og reinvestering Act (Arra) penger.

2

Kommentarer - 0

Ingen kommentarer

Legg en kommentar

smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile
Tegn igjen: 3000
captcha